FSHZH drejtohet nga Bordi drejtues, kryesuar nga Kryetari i tij qe eshte Zv/Kryeministri I qeverise shqiptare. Zyra Ekzekutive e FSHZH e kryesuar nga Drejtori Ekzekutiv ekzekuton vendimet e Bordit.
Zyra ekzekutive eshte e ndare ne 5 departamente kryesore dhe perfshin nje staf prej 57 punonjesish.
Ndarja e punes ne terren eshte organizuar ne 4 njesi rajonale te perbera nga inspektoret social dhe teknik. Kjo ndarje garanton efikasitet dhe fleksibitet ne mbulimin e gjithe territorit te vendit deri ne nivel lagjesh dhe fshatrash.