Këshilli Drejtues:

Këshilli Drejtues është organi më i lartë vendimmarrës i FSHZH-së dhe përbëhet nga 11 anëtarë. Pesë anëtarë janë përfaqësues të Ministrive të linjës dhe gjashtë anëtarët e tjerë janë përfaqësues të Qeverisjes Vendore.

Drejtori Ekzekutiv:

Drejtori Ekzekutiv është autoriteti ekzekutiv më i lartë i FSHZH-së. Drejtori Ekzekutiv përgjigjet përpara Këshillit Drejtues. DE emërohet me një shumicë prej 2/3 të numrit të përgjithshëm të anëtarëve të Këshillit Drejtues të FSHZH-së.

Departamenti i Financës:

DF zbaton dhe mban sistemin kontabël në përputhje me kërkesat e Manualit të Procedurave, Standartet Kombëtare të Kontabilitetit të Qeverisë Shqiptare dhe të pranueshme nga donatorët.

Departamenti i Infrastrukturës:

DI përfshin brenda strukturs së tij Njësinë e Projekteve të Infrastrukturës Rrugore, Njësinë e Projekteve Hidroteknike, Njësinë e Mbështetjes Teknike, Njësinë e Projekteve Komunitare dhe Njësinë e Mjedisit.

Departamenti i Zhvillimit Rajonal:

DZHR promovon rëndësinë e Planeve të Zhvillimit Lokal në NJQV si një mjet i mirë për një zhvillim të qëndrueshëm; Asiston NJQV-të për të zhvilluar PZHL të përshtatshme duke garantuar koordinimin e tyre me Strategjitë e Zhvillimit Rajonal e Sektorial.

Njësia e Komunikimit dhe Vlerësimit:

NJKV realizon komunikimin me publikun për të arritur një sensibilizim të gjerë lidhur me punën që bën FSHZH si një institucion lider në zhvillimin e infrastrukturës dhe rritjen e kapaciteteve të qeverisjes lokale. Monitorimi dhe Vlerësimi është një sektor tjetër që mbulon NJKV. Nëprmjet monitorimit të projekteve identifikohen arritjet, problematikat si dhe sugjerohen alternativa për përmirësim, ndërsa vlerësimi i impaktit social-ekonomik dhe atij mjedisor mbyll ciklin e çdo projekti.

Njësia Juridike & Prokurimeve:

Njësia Juridike dhe e Prokurimit ofron asistencë juridike për veprimtarinë e FSHZH-së në përputhje me legjislacionin shqiptar, marrëveshjet me donatorët dhe Manualin e Procedurave, si dhe garanton procedura korrekte dhe transparente të prokurimit.

Njësia e Auditit të Brendshëm:

NJAB është përgjegjëse për mbikqyrjen e zbatimit të procedurave teknike e financiare të FSHZH-së. Njësia auditon nëse veprimtaritë e FSHZH-së janë konform Ligjit, Statutit dhe Manualit të Procedurave që e drejtojnë atë.

Njësia e Administratës:

NJA zhvillon dhe zbaton politikat administrative të FSHZH-së, zbaton procedurat e punësimit të FSHZH-së si dhe jep mbështetjen për funksionimin eficient të institucionit.