Funksionimi dhee mirëmbajtja e projekteve eshte nje nga pikat ku FSHZH ve me shume theksin. Një marrëveshje për funksionimin e mirëmbajtjen nënshkruhet që në fillim me NJQV-në ku do të realizohet projekti. Detaje mbi fondin e mirëmbajtjes në varësi të llojit të nënprojektit e veçorive të tjera përcaktohen në projektin teknik. Mirëmbajtja e projekteve të mëparshme të financuar nga FSHZH është kusht i domosdoshëm që FSHZH të fillojë financimin e projekteve të tjera në të njëjtën komunë ose bashki.